[http://www.viruslist.com/en/weblog Kaspersky 社のブログ] によると、 FreeBSD や Linux をターゲットとしたマルウェアが発見されたとの事です。

It’s often argued that *nix systems are secure, and there are’t any viruses or malware for such systems. This hasn’t been true for a long time, as two recently detected malicious programs prove.

Kaspersky 社の Blog より

超訳してみると、 『多くの場合、unix システムはセキュリティを確保しているので、 ウィルスやマルウェアはありえないと主張されていた。 これらの事は既に真実ではない事が最近検出された2種類の悪意あるプログラム により証明されている。』みたいな事が言われています。
今回は単なる perl スクリプトと FreeBSD や Linux 上で実行可能な 暗号化された perl スクリプトの 2 種類のマルウェアが発見されたらしく、 それぞれ迷惑メイルを送信する「ボット」や、 セキュリティソフト風の怪しいソフトウェアを販売するための 詐欺サイトを宣伝・販売するウェブサイトを構築してしまうそうです。

Windows に比較すれば FreeBSD や Linux の方が多少は安全ですが、 それはあくまでも相対的な比較においての安全であり 絶対的に安全という訳ではありません。 そんな事はちょっと考えてみれば常識だと思うのですが、 世の中には「Linux だから安全」という様な事を妄信している人もいる様です。
システムにセキュリティホール(脆弱性)が存在する可能性がある限り、 『セキュリティに対して万全』とは言えません。
日頃からセキュリティ情報には注意を払い、適宜対策を実施することが肝要です。